Como determinar uma estrutura de proteína por sequenciação de DNA
A determinação da estrutura multidimensional de uma proteína por meio de sequenciação de ADN é também conhecido como a previsão da estrutura de proteínas e requer a conversão da sequência de ADN da proteína na sua sequência de aminoácidos . O processo requer uma sólida compreensão de celular biologia molecular e proteínas, bem como uma completa familiaridade com métodos em biologia computacional , tais como programação UNIX . Além disso , será necessário um treinamento extensivo em pacotes de software ou códigos-fonte usado em dobra de previsão e de seqüência analysis.Things Você vai precisar de
Vários computadores com diferentes sistemas operacionais ( Unix, Windows etc )
Acesso a seqüência da proteína bancos de dados
acesso a pacotes de software escolhidos ou os enumerados no artigo
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obter sequências de DNA – existem muitos bancos de dados , que terá adquirido , anotado e montou o dados produzidos por centenas de experimentos de seqüenciamento . Estes incluem TREMBL e SWISS- PROT , que deve ser usado para obter seqüências de DNA ( na forma de um formato de banco de dados de proteínas, ou arquivo PDB
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Interrogar seqüências – Procure homologia entre a proteína de pacotes de juros e outros com estruturas conhecidas e validadas experimentalmente . FASTA e software PSI -BLAST pode ser usado para isso. Compare os vários parâmetros gerados pela comparação, tais como e- valores, o que é um indicador de deste conjunto de dados significância estatística.
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alinhamento estrutural – Alinhar a sequência da proteína de interesse com várias outras proteínas usadas no Passo 2 Uma vez que estas outras proteínas já foram mostradas experimentalmente a ter certas características estruturais , por exemplo, alfa hélices ou folhas beta , estes serão anotados dentro de suas sequências e pode ser usado para identificar regiões idênticas ou semelhantes . determinar todas as estruturas secundárias presentes na sequência de interesse e anotar estas regiões .
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Modelo construção – um modelo modelo é construído através da sobreposição das sequências da proteína experimentalmente validada e da proteína alvo , utilizando a primeira como um guia para indicar onde os principais recursos , tais como domínios catalíticos ou outros elementos estruturais importantes estão localizados
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Identificar dobras – Usando programas de biologia computacional , como Threader ou outro software de modelagem baseado em UNIX , importar a seqüência anotada de interesse e executar o algoritmo de previsão de vezes . Estes programas atribuir uma pontuação para as previsões para indicar que se dobra são os mais precisos , que possam ocorrer , estáveis , ou outros fatores.
