Ferramentas para alinhamento múltiplo de sequências
alinhamento de sequências múltiplas ( MSA ) é um processo computacional , bioinformática , em que pelo menos três proteínas , as sequências de ADN ( ácido desoxirribonucleico ) ou ARN ( ácido ribonucleico ) estão alinhados uns com os outros . Isto produz um padrão visual onde as sequências que estão presentes em um conjunto de sequências ficam combinadas dentro de um único bloco de cor . Normalmente , as sequências provenientes de diferentes organismos ou espécies , permitindo assim a bioinformatician para determinar se e que tipo de relação existe entre as sequências , se houver mutações ou se existem estruturas características . ClustalW2
ClustalW2 é um programa de MSA concebido estritamente para a análise de proteínas ou ADN , e não de ARN . Ele é organizado pelo Instituto Europeu de Bioinformática (EBI ) e é fornecido como uma forma ou página web ou baixado como um pacote de software. Ele é um dos softwares mais utilizados MSA , com muitos mais novos escritos com base em ClustalW , a versão original. ClustalW2 permite aos cientistas de entrada até 500 ou 10 MB de seqüências em formatos como FASTA , RSF , EMBL, Swiss- Prot (ou UniProtKB , EMBL) e GDE . Uma gama de opções de análise está disponível; por exemplo , o usuário tem a opção de executar ” cheio” ou alinhamentos “rápidos” , gerar ou ” e-mail ” resultados ” interativos” , e produzir apenas AFM ou também árvores filogenéticas ( um diagrama que descreve as relações evolutivas ) .
Instituto Europeu de Bioinformática
Wellcome Trust Genome Campus
Hinxton
Cambridge
CB10 1DP
Reino Unido
011-44-1223-494-444
ebi.ac.uk
T -Coffee
Além disso, um software MSA altamente popular organizada pela EBI , T -Coffee permite que o usuário use seqüências obtidas a partir de uma variedade de fontes (por exemplo , explosão , Fast ) , ou alinhamentos de diferentes programas (como ClustalW2 , dialign ) .T – Café combina tudo o que é fornecido e gera um completamente novo MSA com a correspondência mais próxima e mais precisa entre os vários formatos. O utilizador pode escolher entre a utilização de ferramentas estatísticas conhecidas como matrizes de pontuação ( tal como PAM ou BLOSSUM ) para analisar os resultados do MSA , que são um método estatístico para determinar a presença de um alinhamento entre as sequências e determinar se este alinhamento é significativo ou simplesmente um artefato.
European Bioinformatics Institute
Wellcome Trust Genome Campus
Hinxton
Cambridge
CB10 1DP
Reino Unido
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SAM
SAM é um alinhador de várias sequências para proteínas que permite que qualquer tipo de estrutura da proteína ( por exemplo , a cadeia beta , hélice alfa , a bobina ) a ser determinado a partir de um alinhamento de conjuntos de sequências de proteínas . Estas sequências podem então ser utilizadas para ver se as proteínas estão relacionadas ( isto é, são homólogas ) , se os homólogos de ter sido validado e estruturalmente organismos que podem ter vindo. SAM utiliza o Modelo Oculto de Markov , um modelo estatístico complexo amplamente utilizado em biologia, como a base de seu algoritmo .
Engenharia Biomolecular
University of California , Santa Cruz
Santa Cruz , CA 95064
soe.ucsc.edu
831-459-4250
