Protocolos chip Seq

O Projeto Genoma Humano completou seu sequenciamento do genoma humano até o final de 2003 , oferecendo um roteiro para a futura investigação genética. Uma das técnicas que tem sido desenvolvidas para aproveitar essa conquista é um chip – Seq, uma combinação de imunoprecipitação da cromatina com diferentes técnicas de sequenciamento de bioinformática . ChIP – Seq ajuda a determinar quais as partes de um genoma de proteínas específicas interagir com . Imunoprecipitação da Cromatina

Chip, uma abreviação de cromatina imunoprecipitação , determina se ou não uma proteína interage com sites específicos sobre uma fita de DNA . O processo tem três etapas principais. Primeiro , as proteínas são deixadas a ligar ao DNA no interior de células vivas. Este passo , por vezes, chamado de reticulação , tem lugar em formaldeído . Segundo, as cadeias de DNA são cortadas em torno da proteína de ligação de modo que este segmento de ADN pode ser analisada separadamente . Em terceiro lugar , os fragmentos de DNA que a proteína é ligado ao precisa ser separado do resto do ADN . Para alcançar este objectivo , os anticorpos que se ligam à proteína a ser estudados são introduzidos . Este passo é chamado de precipitação .

Sequenciação

Após os segmentos de ADN que se liga a proteína ter sido separado do resto do ADN , os sites precisam ser analisados ​​para determinar onde eles estavam na cadeia de DNA original. Isso é feito comparando os fios para o mapa do genoma humano , que foi concluída em 2003, ou a um mapa do genoma semelhante se as células não-humanos estão sendo estudadas.

Bioinformática

Chip – Seq aproveita técnicas de bioinformática para aumentar a velocidade e reduzir o custo da pesquisa . Técnicas de bioinformática são necessárias por causa de dois grandes complicações que surgem durante o processo de chip. Às vezes, problemas como a contaminação ocorrer durante o processo de chip, o que pode levar a erros quando seqüenciamento dos filamentos de DNA que sobraram . Analisadores seqüência do genoma é capaz de limpar o conjunto de dados de pontos de dados de baixa qualidade. Outra complicação é a de que as proteínas podem ligar-se a diversos locais ao longo de uma cadeia de DNA , mas pode não se ligar a cada local com igual probabilidade . Um analisador de genoma irá coincidir com os fios para cada local ao longo do genoma de referência e fornecer distribuições de sites que a proteína é mais provável para ligar. Estes programas também são capazes de fazer comparações entre os diferentes genes que a proteína se liga a .