Primer desenho Tutorial

Os iniciadores são pequenos pedaços de ADN utilizado em uma técnica biológico conhecido como a reacção em cadeia da polimerase ( PCR ) . PCR é usada pelos biólogos moleculares para amplificar sequências de genes para a análise científica mais sofisticada , como a sequenciação de DNA, clonagem ou várias aplicações biotecnológicas. Projeto Primer é uma habilidade que deve ser dominado por todos que desejam estudar genes , e requer uma sólida compreensão da biologia e da genética . Embora as regras para desenho de primers são relativamente simples , as complexidades da genética, plataformas experimentais e sistemas de computação resultaram em centenas de programas de software avançadas que podem ser usados ​​para o projeto primer. Instruções
Primer Projeto Tutorial
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Obter a sua identidade genética para banco de dados Entrez Gene . Procure o " RefSeq " identidade de seu gene , simplesmente digitando o nome do seu gene na caixa de pesquisa . Obter a identidade RefSeq cDNA do seu gene escolhido ( por exemplo, " NM_136342 " ) .
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Baixe a seqüência " FASTA " . Este é o conteúdo de nucleotídeos do seu gene representado como alfabetos e é , basicamente, um ficheiro de texto . Olhar para o " maior do que " símbolo ( & gt ; ) , que indica o início da sequência do gene . Ou selecionar, copiar e colar a sequência inteira ou clique no botão "Download" para recuperá-lo para o seu computador .
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Obter sua sequência genética . Ir para o site BLAT ou BLAST ( genome.ucsc.edu/cgi - bin/hgBlat ) e cole a seqüência FASTA - formato na caixa de pesquisa . Clique em " Enviar".
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Use uma ferramenta de desenho de primers profissional. Estes incluem software como o perlprimer livremente disponível, ou mais sofisticados , mas comerciais, como VectorNTI e MacVector . Em perlprimer ( perlprimer.sourceforge.net/) , basta carregar sua seqüência no software e clique em "Localizar primers ".
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Verifique os primers. Você deverá ver a frente e primers reverse ( " pares de primers ") , com posições numéricas sobre a sequência , comprimentos de primers , temperatura de fusão ea seqüência cartilha completa. Verificar se os pares de iniciadores de todas as normas de concepção do iniciador , tal como a formação de dímeros de iniciadores fraco , a presença de um grampo de GC no prime - fim de três ( 3 ' ) do iniciador , e que pelo menos um iniciador é encontrado medindo uma fronteira intrão - exão .
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Verificar os produtos gerados pelos iniciadores . Executar uma PCR electrónicos (por exemplo , do NCBI ePCR ) para verificar os tipos ou propriedades de produtos de genes produzidos pelos iniciadores durante uma reação simulada PCR.